由于卵巢囊肿的具体类型不同，所以卵巢囊肿是否会影响女性的生育功能，那就得根据其具体的囊肿类型来判断。比如女性只是出现生理性的黄体囊肿，或者是普通的卵巢囊肿，而且囊肿比较小，也没有出现囊肿的破裂或者扭转现象，一般都不会影响女性的生育，往往这样的女性都可以正常怀孕，只是在怀孕以后，可能会引起卵巢囊肿有增大表现。但如果女性是子宫内膜异位到卵巢上引起的卵巢巧克力囊肿，这时就可能会影响生育功能，大约有40%的巧克力囊肿患者可能会出现不孕症。