宫颈囊肿与卵巢囊肿最大的区别，是发生的部位不同，宫颈囊肿是发生在宫颈上的一种囊肿，而卵巢囊肿是发生在附件区卵巢上的囊肿，可以单侧发生，也可以双侧同时发生。宫颈囊肿一般是慢性宫颈炎的一种表现形式，通常没有症状，不需要治疗，如果单个囊肿大于两公分，最好做物理治疗。如果卵巢囊肿不大于五公分，或者是生理性的囊肿，一般也不需要治疗，如果卵巢囊肿大于五公分，甚至是盆腔巨大囊肿，是需要及时行手术治疗的。这两种囊肿对女性身体影响也不一样，宫颈囊肿一般对女性身体没有明显的影响，而卵巢囊肿出现明显症状或者大于五公分时，会导致女性月经不调，腹痛，不孕等症状，所以建议及时治疗。