卵巢囊肿和系膜囊肿哪个比较严重，还需要根据具体的情况来判断。如果是生理性的囊肿与系膜囊肿相比，系膜囊肿是比较严重，生理性的卵巢囊肿会逐渐自行的吸收消失，并不会引起临床症状。而系膜囊肿，一般是由于存在炎症，炎性渗出而形成的囊肿，会引起下腹部的疼痛。如果卵巢囊肿是病理性的，比如炎症刺激而导致的，囊肿体积比较大，直径超过5cm，引起临床症状，比如腹痛，腹胀，影响排尿排便，卵巢囊肿与系膜囊肿相比，卵巢囊肿是比较严重。