卵巢囊肿的最佳治疗方法：一、看一下卵巢囊肿的大小、良性恶性的区别，如果是卵巢囊肿有恶变倾向，无论大小建议尽早手术治疗，手术后根据囊肿切除后的病理组织，根据情况选择相应的方法进行放化疗。二、卵巢囊肿是生理性的，这种情况是不需要治疗的。临床常见生理性的卵巢黄素囊肿，一般常见妊娠期间出现的妊娠生理性的黄素囊肿，或者是不孕症的患者促排过程中用药导致的生理性囊肿，这种情况观察就可以，一般会随着下次月经的到来能够恢复到正常。三、如果卵巢囊肿比较小，没有引起身体其他病变，可以通过药物或者是通过手术的方法来进行治疗，如何治疗必须根据当中的大小、性质、边界情况来判断。