双侧卵巢囊肿，先要明确囊肿性质，是生理性的还是病理性的。下次月经干净后3-5天复查超声，看看囊肿是否都在。如果消失了，说明是生理性的，如果持续存在，则进一步查肿瘤标记物。肚子疼痛，不一定跟囊肿有直接关系，可以继续观察。指导意见：先复查超声，如果是生理性囊肿，不需要特殊治疗。如果是病理性囊肿，如巧囊，结合肿瘤标记物情况及是否有生育要求决定是否药物治疗。如果是卵泡没无法排出，形成了黄体囊肿，且有生育要求，则考虑助孕治疗。希望能帮到您。