您目前备孕2年余，月经周期不规律，痛经，有卵巢囊肿。首先月经周期不规律，排卵可能就不规律。轻度痛经属于正常现象。卵巢囊肿是卵巢上的囊肿，囊肿大小不同处理方式也不同，囊肿性质不同处理方式也不同。指导意见：女方:若卵巢囊肿小，正常试孕，必要时医院行卵泡监测。若卵巢囊肿大，必要时行卵巢囊肿穿刺或者手术治疗。男方：精液常规。