卵巢囊肿和巧克力囊肿到底有什么区别，要先看卵巢囊肿的性质，因为卵巢囊肿包括卵巢巧克力囊肿以及普通的囊肿。如果是普通的囊肿和卵巢巧克力囊肿，最主要的区别是囊肿的性质，普通的囊肿可能是由于激素刺激导致的，而且囊肿内的液体比较清晰，也不会引起痛经的表现，更不会影响女性的生育功能。而卵巢巧克力囊肿是由于子宫内膜异位症引起的病变，所以囊肿内的液体呈巧克力一样，不但会引起进行性加重的痛经症状，还会导致怀孕困难，甚至是出现不孕症，大多数都要进行手术治疗。