对于小于8cm的巧克力囊肿可以进行药物控制，使其缩小至完全消失。而对于较大的则以手术的方式治疗为先，以防其因身体运动引起缔结扭转或破裂。现在可以采用最先进的腹腔镜，通过监视器屏幕上所显示患者器官不同角度的图像，对患者的病情进行分析判断并治疗。