怀孕40天如果有先兆流产的话，建议患者要到正规的医院，去做B超检查。如果是宫内怀孕的话，可以服用药物流产。药物流产的副作用，比如说可能会流不干净或者是出血太多，患者用药过后，还得再观察，如果出血太多的话，就要立刻到正规的医院去做相关检查。用药后几天，到医院去做B超复查，看看有没有流干净。如果没流干净的话，就要去清宫，建议患者要根据医生的指导，来选择合适自己的治疗方案。