在药物流产以后不干净，要根据具体的情况予以不同的处理。对于在服用药流的药物以后，如果没有明显的孕囊的排出来，一般可以通过继续加用药流的药物一片或者是两片来促进子宫的收缩，达到将孕囊的排出。对于服用以后，如果仍然没有明显的孕囊的排出，就需要行清宫的手术，不建议继续予以药物的治疗。对于药流以后，如果孕囊是完整的排出来了，考虑因为少许残留的蜕膜导致的不干净，可以予以生化汤治疗，也可以予以益母草等，促进子宫收缩达到将蜕膜的排出，同时还可以予以抗孕激素药物的治疗。子宫复旧的过程中还需要注意予以抗生素，预防感染的发生。对于药流以后经过药物的处理仍然是不干净的，还是需要及时的清宫术，要避免长久的阴道的不干净导致继发不孕、宫腔感染的发生。