患者在药流后出现头疼，可能是由于药流不全，阴道出血量较大，进而引发贫血所致，此时患者可能会出现头晕、头疼等不适的症状。药流后一般不会出现头疼、头晕等症状，但有10%左右的患者，即使按医生的要求，正确地服用药物流产的用药，依然可能会出现药流不全，可能会在短时间内出现大量的阴道出血，建议及时就医。患者出现头疼的症状，也可能是由于存在神经内科的器质性病变，或是由于生理、心理的因素所引起，不一定和药物流产有关，建议患者及时就医。