不来月经但纸擦到褐色，首先要做一个尿早早孕检测，要排除有没有怀孕。如果确定已经怀孕，就需要做B超检查，要排除宫外孕的可能，还可以抽血测HCG、孕酮以及雌二醇，要了解有没有宫内怀孕、先兆流产的现象。如果没有怀孕，那就有可能是因为月经不调引起的，内分泌失调导致月经量减少，所以只出现少量的褐色分泌物，比如多囊卵巢综合征等；也有些是因为宫腔粘连、颈管粘连导致的闭经现象。出现这种情况的原因有很多，要进行一些相关的检查，根据具体的情况，采取一些相应的治疗方法。