月经不调在做试管婴儿的时候一般是不会导致畸形出现的。因为它与试管婴儿之间没有什么直接的关系，在做试管婴儿的时候都是直接选取一些比较健康的卵子来进行体外培养的。导致婴儿出现畸形这种情况一般都是与基因突变或者是染色体有着直接关系的，所以月经不调这种情况是不用太过担心的。另外就是在做试管婴儿的时候，它可以避免一些遗传性的疾病，所以不用担心会出现畸形儿。